Apoteker Willum Unno (1493-1580) fik kongelig bevilling til at drive et apotek i Højbrostræde, matrikel nr. 71, i København, det ældste kendte apotek i Danmark. Apoteket blev nedlagt i 1620.

Højbrostræde var en af byens hovedfærdselsårer, der udgjorde forbindelsesvejen mellem Slotsholmen og Amagertorv, byens daværende midtpunkt.

Højbrostræde med tilhørende ejendomme blev efter Københavns brand i 1795 udlagt til torv, nuværende Højbro Plads.

Christian V udstedte »Forordning om Medicis oc Apotecker etc.«.

Forordningen fastlagde principperne for apoteksvirksomhed i Danmark og blev dermed »den danske farmacis grundlov«.

Disse principper var: offentlig bevilling til at drive apotek, eneret for apotekerne til at tilberede og forhandle lægemidler, officielle krav til lægemidlers kvalitet, officielle kvalifikationskrav til apotekerne og deres faglige personale, offentlig fastsættelse af forbrugerprisen på lægemidler og offentlig kontrol med apotekerne.

Collegium Medicum blev oprettet som den første styrelse for sundhedsvæsenet i Danmark og varetog blandt andet funktionen som tilsynsførende, rådgivende og regulerende myndighed i forhold vedrørende apotekerne indtil oprettelsen af Det Kongelige Sundhedskollegium i 1803. Kollegiet blev i 1909 afløst af Sundhedsstyrelsen.

Det Kongelige Frederiks Hospital i Bredgade i København blev indviet i 1757, og året efter indviedes her Danmarks første hospitalsapotek, Det Kongelige Frederiks Hospitals Apotek. Frederiks Hospital afløstes af Rigshospitalet i 1910.

Den første danske farmakopé, »Pharmacopoea Danica 1772«, var udarbejdet af lægerne og apotekerne i Collegium Medicum. Farmakopeen lagde grunden til en dansk farmakopétradition: at give almindelige regler for lægemidlers fremstilling, opbevaring, kvalitet og kontrol, at fastsætte standarder for råvarer, der anvendes til fremstilling af lægemidler, og at give forskrifter for bestemte lægemidlers sammensætning og fremstilling.

Apoteker Alfred Nicolai Benzon (1823-1884) på Svane Apoteket i København havde i 1849 etableret en engroshandel for droger og kemikalier. I 1863 købte han en fabriksbygning ved Kalvebod Strand, det nuværende Halmtorvet. Hertil flyttede han engroshandelen, ligesom han her indrettede en fabrik, Alfred Benzons kemiske Fabrik, til industriel fremstilling af kemisk-tekniske artikler samt apotekslægemidler. Firmaet bragte i 1893 de første danske medicinske specialiteter i handelen.

I henhold til forordningen af 1672 havde den farmaceutiske uddannelse to niveauer: en uddannelse til apotekersvend, senere betegnet apoteksmedhjælper, der foregik på apotek, og en videreuddannelse til farmaceutisk kandidat, som var et selvstudium.

Med oprettelsen af Den Farmaceutiske Læreanstalt i Stockholmsgade i København i 1892 blev der her etableret en farmaceutisk kandidatuddannelse.

Lægemiddelindustriens udvikling fra slutningen af 1800-tallet betød, at de medicinske specialiteter udgjorde en stigende del af lægemiddelmarkedet, men til forskel fra apotekslægemidlerne var de medicinske specialiteter ikke underlagt offentlig kontrol. Dette forhold blev ændret ved apotekerloven af 1932, som indførte offentlig kontrol med de medicinske specialiteter. Billedet viser Løvens kemiske Fabrik på Brønshøjvej i København i 1930’rne – en repræsentant for den ekspanderende lægemiddelindustri.

Den Farmaceutiske Læreanstalt blev flyttet til Universitetsparken i København og fik navnet Danmarks Farmaceutiske Højskole. Samtidig fik den farmaceutiske uddannelse formelt status som et akademisk studium. I 2003 fik Højskolen navn af Danmarks Farmaceutiske Universitet, som i 2007 ændredes til Det Farmaceutiske Fakultet ved fusionering med Københavns Universitet. I 2012 fusionerede Det Farmaceutiske Fakultet med Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet.

I medfør af apotekerloven af 1954 blev den farmaceutiske medhjælperuddannelse afskaffet og afløst af en apoteksassistentuddannelse, der havde til formål at uddanne et kvalificeret teknisk personale til apotekerne. I 1970 indviedes Apoteksassistentskolen på Milnersvej i Hillerød som uddannelsessted for den teoretiske del af apoteksassistentuddannelsen. Senere fik skolen navnet Danmarks Apotekerforenings Kursusejendom a/s, som i 1998 blev ændret til Pharmakon a/s. Året efter blev stillingsbetegnelsen apoteksassistent ændret til farmakonom.